Le problème est modélisé par un problème de couverture dans un réseau de Petri pondéré (les transitions, correspondant aux réactions, sont pondérées par un coût et à chaque place, correspondant aux molécules, peut être associée une transition produisant dans cette place un jeton à partir de rien, cette transition modélise l'achat de cette molécule). On recherche dans ce réseau de Petri à couvrir un marquage donné (les molécules que l'on veut synthétiser) à partir d'un marquage vide et avec un séquence de transition de coût total minimum. Nous nous sommes également intéressés à deux variantes de ce problème basées sur des contraintes réalistes des laboratoires synthétisant des molécules : un premier problème où toutes les répétitions d'une même réaction doivent se faire à la suite, et une autre version où le nombre total de réactions permettant la synthèse est borné.